1. Jaki rodzaj żelu zastosujesz, mając do rozdziału fragmenty DNA o długościach 200, 350, 5820 pz – dlaczego?
„Akrylamid pozwala przygotować nośniki o bardzo
gęstym usieciowaniu i niewielkich porach, co umożliwia separację makrocząsteczek
białkowych o masach rzędu 5 K - 300 K lub polinukleotydów o wielkości 5 - 2 000 par zasad. Agaroza – 50 ; 30000bp”
2. Chcesz wyizolować białko – czynnik transkrypcyjny. Zaproponuj strategię chromatograficzną.
http://www.pg.gda.pl/chem/Dydaktyka/Analityczna/
3. alfa-komplementacja – opis zjawiska i zastosowanie w lokalizacji transformowanych kolonii 4. Enzym restrykcyjny SmaI rozpoznaje sekwencję CCCGGG | | | | | | GGGCCC i przecina ją w środku dając tępe końce. Proszę narysować porządny wzór strukturalny tej reakcji 5. Klonowanie DNA - opis 6. W reakcji ligacji używa się zwykle kilkukrotnego (biorąc pod uwagę ilość cząsteczek) nadmiaru wstawki w stosunku do wektora. Proszę obliczyć ile µl 631 pz wstawki o stężeniu 45ng/μl trzeba dodać do 100ng plazmidu o długości 3242 pz, aby otrzymać trzykrotny nadmiar cząsteczek wstawki? 7. Proszę obliczyć ilości roztworów podstawowych potrzebnych do przygotowania 300 µl buforu do ligazy:
2. 330mM Tris – HCl pH 7.8 100mM MgCl2 660mM KCl 5mM DTT 10mM ATP
Mając do dyspozycji następujące roztwory: 1M Tris – HCl pH 7.8 1M MgCl2 1M DTT 30mM ATP 2M KCl
3. Grupa II 1. Jaki rodzaj żelu zastosujesz, mając do rozdziału fragmenty DNA o długościach 150, 155, 182 pz – dlaczego? 2. Chcesz wyizolować białko biorące udział w rozpoznawaniu uszkodzonego DNA. Zaproponuj strategię chromatograficzną. 3. Metody hybrydyzacyjne zastosowane do lokalizacji określonych transforantów – zasada działania i opis metody 4. Enzym restrykcyjny AluI rozpoznaje sekwencję AGCT | | | | TCGA i przecina ją w środku dając tępe końce. Proszę narysować porządny wzór strukturalny tej reakcji 5. Metody transformacji bakterii – zasada działania 6. W reakcji ligacji używa się zwykle kilkukrotnego (biorąc pod uwagę ilość cząsteczek) nadmiaru wstawki w stosunku do wektora. Proszę obliczyć ile µl 234 pz wstawki o stężeniu 15ng/μl trzeba dodać do 100ng plazmidu o długości 3600 pz, aby otrzymać trzykrotny nadmiar cząsteczek wstawki? Proszę obliczyć ilości roztworów podstawowych potrzebnych do przygotowania 300 µl buforu do ligazy: 330mM Tris – HCl pH 7.8 100mM MgCl2 660mM KCl 5mM DTT 10mM ATP Mając do dyspozycji następujące roztwory: 1M Tris – HCl pH 7.8 1M MgCl2 1M DTT 30mM ATP 2M KCl Grupa III 1. Jaki rodzaj żelu zastosujesz, mając do białka o masach cząsteczkowych 15 000Da, 24 000Da, 45 000Da – dlaczego? 2. Chcesz wyizolować białko o nieznanych właściwościach (jedyne, co o nim wiadomo to masa cząsteczkowa = 35kDa). Zaproponuj strategię chromatograficzną. 3. Przeszukiwanie transformantów metodą PCR. Kiedy można stosować, jakwygląda metoda? 4. Enzym restrykcyjny PvulI rozpoznaje sekwencję CAGCTG | | | | | | GTCGAC i przecina ją w środku dając tępe końce. Proszę narysować porządny wzór strukturalny tej reakcji 5. Enzymy wykorzystywane do klonowania - opis 6. W reakcji ligacji używa się zwykle kilkukrotnego (biorąc pod uwagę ilość cząsteczek) nadmiaru wstawki w stosunku do wektora. Proszę obliczyć ile µl 500 pz wstawki o stężeniu 30ng/μl trzeba dodać do 100ng plazmidu o długości 2682 pz, aby otrzymać trzykrotny nadmiar cząsteczek wstawki? 7. Proszę obliczyć ilości roztworów podstawowych potrzebnych do przygotowania 300 µl buforu do ligazy: 330mM Tris – HCl pH 7.8 100mM MgCl2 660mM KCl 5mM DTT 10mM ATP Mając do dyspozycji następujące roztwory: 1M Tris – HCl pH 7.8 1M MgCl2 1M DTT 30mM ATP 2M KCl
4. Grupa IV 1. Jaki rodzaj żelu zastosujesz, mając do białka o masach cząsteczkowych 48 000Da, 94 000Da i 180 000Da – dlaczego? 2. Chcesz wyizolować białko nie będące enzymem. Zaproponuj strategię chromatograficzną. 3. Przeszukiwanie bibliotek ekspresyjnych – metody oparte na identyfikacji białek - opis 4. Enzym restrykcyjny HaeIII rozpoznaje sekwencję GGCC | | | | CCGG i przecina ją w środku dając tępe końce. Proszę narysować porządny wzór strukturalny tej reakcji 5. W jakiej formie musi być DNA używane do transformacji i dlaczego? 6. W reakcji ligacji używa się zwykle kilkukrotnego (biorąc pod uwagę ilość cząsteczek) nadmiaru wstawki w stosunku do wektora. Proszę obliczyć ile µl 853 pz wstawki o stężeniu 40ng/μl trzeba dodać do 100ng plazmidu o długości 1840 pz, aby otrzymać trzykrotny nadmiar cząsteczek wstawki? 7. Proszę obliczyć ilości roztworów podstawowych potrzebnych do przygotowania 300 µl buforu do ligazy: 330mM Tris – HCl pH 7.8 100mM MgCl2 660mM KCl 5mM DTT 10mM ATP Mając do dyspozycji następujące roztwory: 1M Tris – HCl pH 7.8 1M MgCl2 1M DTT 30mM ATP 2M KCl
peroni69