- 16 -

MarvinSketch

Wersja 6

Portable

Freeware

http://www.chemaxon.com/

Szkicownik chemiczny

Marvin

Przekład

Robert Wiśniewski

http://chomikuj.pl/bobwis

MarvinSketch jest zaawansowanym edytorem chemicznym pomocnym przy rysowaniu struktur i reakcji chemicznych oraz wykonywania wątpliwych operacji i stawianie zapytań. Program do pracy wymaga aplikacji Java, która jest wbudowana w program.

Przewodnik uŻytkowniKa

M a r v i n S k e t c h

Spis treści

1. MarvinSketch

1.1. Wprowadzenie do programu

1.2. Instalacja i wymagania systemowe

1.3. Instrukcje aplikacji

1.4. Warunki licencyjne

2. Interfejs graficzny programu MarvinSketch

2.1. Płótno

2.2. Menu

2.3. Paski narzędzi

2.4. Menu kontekstowe

2.5. Pasek stanu

2.7. Okienka dialogowe

2.7. Skróty klawiszowe

2.8. Dostosowywanie programu

2.9. Konfigurowanie programu

2.10. Dostosowywanie MarvinSketch – strona serwera

3. Funkcje podstawowe programu

3.1. Formaty plików

3.2. Wycinanie / kopiowanie / wklejanie oraz operacje przeciągania i upuszczania

3.3. Tworzenie nowej cząsteczki

3.4. Otwieranie istniejącego pliku cząsteczki

3.5. Zapisywanie cząsteczki

3.6. Drukowanie

3.7. Praca z wielostronicowymi dokumentami cząsteczek

3.8. Rysowanie struktur

3.8.1. Atomy

3.8.2. Wiązania

3.8.3. Szablony

3.8.4. Edycja nowych podstawników (fragmentów)

3.8.5.  Rozgałęzienia

3.8.6. Łączenie struktur

3.8.7. Współrzędne związków

3.8.8. Import i wyświetlanie biocząsteczek

3.8.9. Odbicia lustrzane cząsteczki

3.8.10. Centralna inwersja cząsteczki

3.9. Reakcje

3.10. Mapowanie reakcji

3.11. Strzałki przepływu elektronów

3.12. Rysowanie wątpliwych R-grup

3.13. Rysowanie wątpliwych S-grup

3.14. Rysowanie grafiki i pól tekstowych

3.15. Rysowanie połączeń atomowych

3.16. Zaznaczanie struktur

3.17. Usuwanie struktur

3.18. Praca za strukturami

3.19. Stereochemia

3.20. Opcje wyświetlania struktur

3.21. Uruchamianie widoków 2D i 3D

3.22. Dostosowywanie stylów rysowania struktur

4. Możliwości chemiczne programu MarvinSketch

4.1. Sprawdzanie wartościowości

4.2. Sprawdzanie struktur

4.3. Ładunki

4.4. Reakcje

4.5. Mapowanie

4.6. Izotopy

4.7. Możliwości wiązań stereo E/Z

4.8. Grupy-S

4.9. Łączenie węzłów

4.10. Praca z grupami

4.11. Praca z rodnikami

4.12. Przewodnik zapytań

4.12.1. Grupy-R

4.12.2. Lista atomów obecnych

4.12.3. Lista atomów nieobecnych

4.12.4. Atomy pospolite

4.12.5. Właściwości atomów

4.12.6. Dołączane dane

5. Wtyczki kalkulatora

5.1. Elementarne wtyczki kalkulatora

5.2. Nazwane wtyczki

5.3. Protonowanie

5.3.1. Wtyczka pKa

5.3.2. Główna wtyczka mikrocząstek

5.3.3. Wtyczka punktu izoelektrycznego

5.4. Partycjonowanie

5.4.1. Wtyczka logP

5.4.1. Wtyczka logD

5.5. Ładunek

5.5.1. Wtyczka ładunku

5.5.2. Wtyczka polaryzowalności

5.5.3. Wtyczka orbitali elektroujemnych

5.5.4. Wtyczka obliczania momentu dipolowego

5.6. Widmo NMR

5.6.1. Przewidywanie CNMR

5.6.2. Przewidywanie HNMR

5.6.3. Przeglądarka  widma NMR

5.7. Izomery

5.7.1. Wtyczka tautomerów

5.7.2. Wtyczka stereoizomerów

5.8. Konformacja

5.8.1. Wtyczka konformacji

5.8.2. Wtyczka dynamiki molekularnej

5.8.3. Wtyczka wyrównywania 3D

5.9. Geometria

5.9.1. Wtyczka analizy topologii

5.9.2. Wtyczka geometrii

5.9.3. Wtyczka powierzchni biegunowej (2D)

5.9.4. Wtyczka powierzchni cząsteczkowej (3D)

5.10. Inne

5.11. Wtyczka wiązania akceptora wodorowego

5.12. Wtyczka analizy Hückela

5.13. Wtyczka refrakcji

5.14. Wtyczka rezonansu

5.15. Wtyczka ramy strukturalnej

5.16. Wtyczki serwisowe

5.16.1. Wyniki testu

5.16.2. Literatura

5.17. Nazywanie struktury

5.18. Dokumentowanie struktury

5.19. Podziękowania

1. MarvinSketch

1.1. Wprowadzenie do programu

MarvinSketch jest zaawansowanym edytorem do rysowania struktur chemicznych, stawiania zapytań oraz wprowadzania reakcji chemicznych. Ma on bogatą (stale rosnącą) listę możliwości edycyjnych, jest zgodny pod względem chemicznym oraz pozwala na korzystanie ze struktur chemicznych firmy ChemAxon opartych na wtyczkach obliczeniowych struktur tworzony na płótnie (na ekranie).

Bogactwo edycji:

·     Szeroki zakres obsługiwanych typów plików: MOL, MOL2, SDF, RXN, RDF (V2000/V3000), SMILES, SMARTS/SMIRKS (rekursyjne), MRV, InChi, CML, PDB, etc.                                                       

·     Kopiowanie i wklejanie między różnymi edytorami.             
 

·     Skracane grupy.             
 

·     Wstępnie ładowane szablony struktur oraz tworzenie własnych szablonów „My Templates”.                           

·     Efekt zamglenia Fog w trybie podglądu 3D.                           
 

·     Edycja 3D.                           
 

·     Geometria 3D i generowanie konformacji.                           
 

·     Oczyszczanie 2D i generowanie konformacji.             
 

·     Zaawansowane stawianie zapytań Query (generowanie atomów i wiązań, list atomów, zapytań o właściwości, pseudoatomów, wielokrotnych grup, łączenie węzłów, itp.).                           
 

·     Tworzenie i edycja zestawów cząsteczek (bez bazy danych).                           
 

·     Dokumenty wielokrotne i obsługa drukowania.             
 

·     Rysowanie i formatowanie kształtów, strzałek i pól tekstowych.             
 

·     Komentowania i opisywanie struktur.             
 

·     Definiowane style użytkownika (kolory, prezentacja struktur, itp.).

Poprawność chemiczna

·     Struktury oparte o obliczenia można wywoływać bezpośrednio z MarvinSketch. W celu uzyskania pełnej listy funkcji – patrz rozdział 5 „Wtyczki kalkulatora”.             
 

·     Sprawdzanie błędów (wartościowości i reakcji).             
 

·     Zapytania projektowe w zakresie projektu (logika-R, właściwości SMART, itp.).                           
 

·     Obsługiwane są izotopy, ładunki rodników, pary jonowe i aliasy.             
 

·     Ręczne i automatyczne mapowanie rysunków reakcji.             
 

·     Zaawansowane funkcje stereochemii  (podwójne wiązania E/Z, chiralność R/S, zaawansowane właściwości stereo ABS/OR/AND. Itp.).

Praca międzyplatformowa

·     Marvin poniższych wersjach może być uruchamiany we wszystkich systemach operacyjnych:

Ø  Java Aplets – Program można łatwo implementować do stron internetowych obsługujących Java bez potrzeby instalowania programy lub wtyczek przez użytkownika.                           
 

Ø  Java Beans – Program można bezpośrednio instalować  jako aplikacja pulpitowa i również korzystać do integracji z apletami Java.             
 

Ø  Java Web Start – Program można uruchamiać jako aplikację internetową.             
 

Ø  .NET Package –  Pakiet ten można integrować a aplikacjami sieciowymi NET.

1.2. Instalacja i wymagania systemowe

Aplety Marvin Java Aplets czy aplikacje pulpitowe Java Beans?

Marvin jest podzielony na dwa pakiety zależne od sposobu z nich korzystania.

·     Marvin Java Aplets – Są to narzędzia  do budowania chemicznych stron internetowych, które są kompatybilne z większością przeglądarek (Chrome, Firefox, Internet Explorer, Safari, Opera, etc.). Oferują one dostęp do Java Scripts i można je dostosowywać za pomocą parametrów apletów.             
Uwaga: Aplety te są sygnowane, co pozwala na korzystanie z tych samych właściwości we wszystkich aplikacjach.

·     Marvin Java Beans – Są to łatwe do instalowania aplikacje do pracy na pulpicie oraz narzędzia do integrowania możliwości programu Marvin z innymi aplikacjami.

Wymagania systemowe

Aplety Marvin Java

·     Dystrybucja Java firmy Oracle (lub Apple's Mac OS X built-in Java)             
 

·     Java wersji 1.6.0.13 lub nowsza             
 

·     Przeglądarka obsługująca Java 2

Aplety Marvin Beans for Java

·     Dystrybucja Java firmy Oracle (lub Apple's Mac OS X built-in Java)                           
 

·     Java wersji 1.6.0. lub nowsza.             
 

Aplety Marvin Beans for NET

·     .NET framework 3.5 SP1.                           

Podkreśla się, że NET framework 4 nie obsługuje wersji 3.5.

...